Tất cả các tổ chức phi lợi nhuận, kể cả các tổ chức từ thiện, đều hoạt động giống như bất kỳ một tổ chức doanh nghiệp nào theo những cách thức cơ bản, ví dụ như quy trình tuyển dụng và giữ chân nhân viên. Yêu cầu cơ bản của tổ chức sẽ ảnh hưởng mạnh mẽ tới những quyết định như việc thực hiện chương trình khuyến khích nhân viên. Có hai phương pháp chủ yếu mà các tổ chức phi lợi nhuận thường áp dụng:

1. Đảm bảo mức lương thưởng mang tính cạnh tranh cao. Điều này không có nghĩa các tổ chức/dự án phi lợi nhuận nhất quyết phải có mức lương thật hấp dẫn và nổi bật nhưng cũng phải tương đồng với mức tổng lương trên thị trường lao động.
2. Nhiệm vụ, văn hóa chiến lược kinh doanh và chiến lược nhân sự của tổ chức. Đây được coi là một công cụ lý tưởng hỗ trợ cho các chương trình khuyến khích nhân viên bằng việc đặt ra các mục tiêu cụ thể cho các vị trí dựa theo bốn khía cạnh: tài chính, khách hàng, quá trình nội bộ, đào tạo và phát triển.